Haiguste ennetamine põhineb eelkõige abinõudel, mis suurendavad looma vastupanu haigustele, nagu head pidamistingimused ja piisav kvaliteetne sööt. Keelatud on keemiliselt sünteesitud allopaatiliste veterinaarravimite või antibiootikumide kasutamine haiguste ennetamiseks. Lubatud on põhjendatud vaktsineerimine.
Kui loom on siiski haigestunud, tuleb teda viivitamutult ravida. Vajadusel on lubatud keemiliselt sünteesitud allopaatilised veterinaarravimid, antibiootikumid ja hormoonpreparaadid. Neid tohib kasutada vaid veterinaararsti järelevalve all. Ravimile kehtestatud keeluaega, mille jooksul ei tohi loomalt pärit saadust turustada, tuleb mahepõllumajanduses rakendada kahekordselt; kui keeluaega pole määratud, siis on see 24 tundi.
Loomade nudistamine, põrsaste hammaste lõikamine ja tibude nokkade lühendamine on lubatud üksnes eesmärgiga parandada loomade turvalisust, heaolu või hügieenitingimusi. Kastreerimine on lubatud üksnes loomakasvatussaaduse kvaliteedi parandamiseks.
Tiinestamisel tuleks eelistada loomulikku paaritamist, kuid vajadusel on lubatud kunstlik seemendamine.