Maheloomakasvatusega tegelevasse ettevõttesse võib tavaloomi tuua Põllumajandusameti nõusolekul ainult piiratud hulgal. Mitmetel juhtudel, näiteks tavaloomade sisseostmiseks ja karjatamiseks mittemahepõllumajanduslikul rohumaal, tuleb pöörduda järelevalveasutuse, Põllumajandusameti poole nõusoleku saamiseks.

Mahepõllumajanduslik tootmisettevõte peab olema Põllumajandusameti (PMA) poolt tunnustatud. Tunnustamise alus on tunnustamise taotlus, mis esitatakse jooksva aasta 10. märtsist – 10. aprillini ettevõtte asukohajärgse maakonna PMA büroosse.

Loomakasvatuse puhul tuleb taotlusele lisada loomakasvatushoonete ja -rajatiste kirjeldus, andmed karjatamiseks kasutatavate kõlvikute kohta, andmed ettevõttes peetavate loomade kohta ja muud vajalikud andmed.

Tunnustamise käigus hindab PMA tootmise vastavust nõuetele. Kontrollitakse nii dokumente kui ka ettevõtet kohapeal. Ettevõte tunnustatakse kontrollimise alusel ja kantakse mahepõllumajanduse registrisse.

Mahepõllumajanduse nõudeid tuleb täitma hakata hiljemalt alates taotluse esitamise kuupäevast. Mahetootmisega alustamiseks vajalike toimingute kirjelduse ning tunnustamise taotluse vormi ja sellele lisatavate dokumentide soovituslikud vormid leiab Põllumajandusameti koduleheküljelt alajaotusest “Mahepõllumajandus”.

Juba tunnustatud maheettevõtteid kontrollitakse kohapeal vähemalt üks kord aastas. Mahepõllumajanduse nõuetele vastavust kontrollitakse põhjalikult nii tootmise, töötlemise kui ka turustamise puhul. Mahepõllumajandusliku tootmise järelevalvet teostavad Põllumajandusamet ning Toidu- ja Veterinaaramet. Töötlemise ja sisseveo puhul on järelevalveasutus Veterinaar- ja Toiduamet ning toitlustamise ja jaekaubandusettevõtete puhul Terviseamet.

Järelevalve on eelkõige vajalik selleks, et tagada mahetoidu usaldusväärsus tarbija silmis. Seetõttu peab iga tootja ja käitleja pidama hoolikat arvestust ja laskma tootmist järelevalveasutusel kontrollida.

Nii tunnustamise kui ka järelevalvetoimingute eest tuleb igal aastal tasuda riigilõiv.